En 2011 se armó una colección de referencia morfológica con semillas colectadas dentro del Jardín Botánico desde los años 80, semillas provenientes de intercambios con otros jardines botánicos alrededor del mundo, y con semillas provenientes de proyectos de investigación, las cuales no habian sido adecuadamente almacenadas por lo que ya no eran viables.
La colección cuenta hasta el momento con 2500 ejemplares de 939 especies de semillas.
Dicha colección cuenta con una base de datos hecha en el programa Excel, la cual se está trasladando al formato de BRAHMS (Botanical Research and Herbarium Management System) para tener la información más accesible para todos los usuarios, en donde se puede encontrar la siguiente información: Número de registro, Número de Colecta, Nombre Científico, Familia, Nombre Común, Hábito, Distribución mundial, Distribución en Guatemala, Usos, Rango Altitudinal, Lugar de Colecta, Coordenadas, Fecha de Colecta, Colector, además presenta Nombre del Proyecto y Autor, para las muestras provenientes de proyectos de investigación.
Para tener la colección en óptimas condiciones, todos los ejemplares pasaron por un proceso de curación, el cual consiste en esterilizar con alcohol al 95% tanto los frascos de almacenamiento como a las semillas.
